Целый ряд исследований Аветисова Сергея Эдуардовича по рефракционной хирургии получил широкое внедрение в практику. Он впервые предложил и обосновал новый принцип коррекции аметропий после ранней хирургии врожденных катаракт, предусматривающий комплексное применение различных средств коррекции.
За цикл работ «Пространственное ультразвуковое цифровое исследование в диагностике заболеваний глаза и орбит» в 2009 г. Сергей Эдуардович был удостоен премии им. акад. М.И. Авербаха за лучшую научную работу по глазным болезням.
По инициативе и под руководством академика Аветисова в НИИ глазных болезней ежегодно проводятся научно- практические конференции с международным участием по актуальным проблемам офтальмологии.
В 1991 году Сергей Эдуардович получил ученое звание профессора по специальности «Глазные болезни», в 2005 году – ученое звание члена-корреспондента академии медицинских наук, в 2011 году – звание действительного члена академии медицинских наук, позднее – академика Российской академии наук.
Профессор опубликовал более 500 научных работ, 4 монографии, 3 справочника, соавтор национального руководства «Офтальмология», получил 50 патентов РФ на изобретения. Под руководством академика С.Э. Аветисова защищено 14 докторских и 27 кандидатских диссертаций.
С момента окончания института по настоящее время Аветисов Сергей Эдуардович неразрывно связан с НИИ глазных болезней и кафедрой глазных болезней 1 МГМУ имени И.М. Сеченова, последовательно занимая должности от научного сотрудника до директора института.
В настоящее время академик является научным руководителем ФГБНУ «НИИГБ» и заведующим кафедрой глазных болезней 1 МГМУ имени И.М. Сеченова.
