Следует отметить особый вклад профессора Трофимовой в развитие непрерывного медицинского образования российских онкологов и радиотерапевтов, её участие в обучении клинических ординаторов, аспирантов и врачей-радиотерапевтов из радиологических центров России и стран СНГ. Является постоянным докладчиком на представительных онкологических и радиологических научных форумах в России и за рубежом. Имеет ведомственную награду Министерства здравоохранения и социального развития РФ «Отличник здравоохранения».
Профессор Трофимова — участник научных протоколов по лечению больных «Лимфома Ходжкина Москва-1,2,3», протоколов по лечению больных первичными медиастинальными лимфомами, миеломной болезнью.
В 2007 году при непосредственном участии профессора Трофимовой была разработана и внедрена в практику радиологического отделения технология тотального облучения тела человека фотонным излучением, не имеющая аналогов в России. Методика применяется при лечении гемобластозов в качестве одного из элементов подготовки к трансплантации костного мозга.
Профессором Трофимовой в 2009 году разработан и внедрен в ежедневную практику радиологического отделения способ ускоренного частичного облучения больных ранними стадиями рака молочной железы после органосохраняющих операций (методика защищена патентом на изобретение).
В 2012 году профессор Трофимова внедрила в практику работы отделения новую методику проведения лучевой терапии в оптимальной фазе дыхания (с задержкой его на глубоком вдохе) больным раком молочной железы с левосторонней локализацией, лимфопролиферативными заболеваниями с поражением лимфатических узлов средостения, что позволяет значительно снизить дозовые нагрузки на сердце и риск возникновения кардио-васкулярных повреждений.
Автор свыше 60 публикаций в российских и зарубежных научных изданиях, соавтор 3 учебных пособий, 2 патентов на изобретение в области медицины, методических рекомендаций по лечению больных со злокачественными новообразованиями.
Профессор Трофимова является экспертом и соавтором Российских клинических рекомендаций по диагностике и лечению злокачественных лимфопролиферативных заболеваний (2013, 2016, 2018 гг.), «Клинических рекомендаций по профилактике, диагностике и лечению больных раком молочной железы» Минздрава РФ (2015, 2017 гг.), «Клинических рекомендаций по профилактике, диагностике и лечению больных меланомой» Минздрава РФ (2017 г.)